发布活动
2019年11月29日 9:00 ~ 2019年12月1日 17:00
(北京海淀)具体地点培训前一周短信通知

北京11月分子动力学模拟GROMACS初级培训班


分子动力学模拟GROMACS初级培训班






一、培训简介


GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持AmberCHARMMGROMOSOPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。为了满足更多的学员能够有机会参加学习,公司将于20191129~121日(共3天)在北京举办分子动力学模拟GROMACS—初级培训班欢迎各位老师和同学报名参加!




二、时间地点

 

20191129~121


北京


​报名截止时间:20191124





有疑问可咨询:

13643136553或liuyao@ncic.ac.cn
中科图云小助手微信:TuyunAssistant


更多资讯可关注: 

官方公众号:中科图云
服务号:中科图云AICloud 




三、培训特点


本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

 

所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统,每个计算节点由2Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz,内存48 GB MemNV Fermi C2050 GPGPUQDR IB网络,曙光ParaStorLustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)

 




四、培训内容


第一天


8:00--

9:00

学员报道,领取资料

9:00--

11:30

分子模拟简介;分子模拟方法的选择;

分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、力场、系统、常用软件等。

13:00--

17:00

生物分子的结构搭建和三维可视化

GROMACS的编译/Linux基础/作业提交

GROMACS文件类型、参数设置、top文件详解、模拟流程、分析工具

GROMACS实例展示(纯水体系)

第二天


8:00--

11:30

GROMACS上机实践1

溶剂体系

完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的参数设置和模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布、粘度、表面张力、表面势能等计算分析。

学员在此阶段可学习力场参数的获得、gro和top的准备和修改、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置,以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

13:00--

17:00

GROMACS上机实践2

蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析,同时尝试对氨基酸进行突变或修饰,并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,学习利用Amber/CHARMM/GROMOS/OPLS力场构建有机分子(药物、配体、溶剂)的参数,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置以及力场文件的修改,掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

第三天


8:00--

11:30

GROMACS上机实践3

分子对接与GROMACS优化

利用Autodock Vina软件完成蛋白质-配体复合物的对接,并利用GROMACS进行进一步的结构优化和作用机理分析。

学员在此阶段可学习Autodock Vina刚性和柔性对接的方法,复合物的结构预测及结合能的计算,进一步复习GROMACS软件对蛋白质-配体复合物体系的处理和结果分析。

GROMACS上机实践4

材料相关体系

完成石墨烯、碳纳米管、金属有机骨架材料等体系的力场参数构建和分子模拟。学员在此阶段可学习GROMACS对规则材料和周期性体系的处理。

13:00--

17:00

GROMACS上机实践5

膜蛋白体系和双相体系

完成膜蛋白体系(蛋白嵌入磷脂双分子层)和双相体系(甲醇/水、环己烷/水,核酸/环己烷/水)的设置和模拟。

学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,学习力场参数文件的获取和手动编辑。

GROMACS上机实践6

粗粒化分子动力学模拟

利用Martini力场完成蛋白质的粗粒化参数设置和模拟,比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

 

答疑解惑,互相讨论。

 

 

 



五、培训讲师

张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry Letter,Journal of Chemical Theory and Computation,Journal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。

 





六、培训费用


(培训班费用不含差旅费、午餐费)

同一单位2人或以上参加,可享受优惠 

人员

一人参加

两人及以上

老师

2600元/人

2300元/人

学生

2300元/人

2000元/人

 

 

 


中科图云​


活动票种

退款说明

委托「活动行」退款

1、本活动由主办方委托【活动行】代为处理退款事宜。
2、如需退款,请于活动开始前的24小时之前提交申请,活动开始前的24小时内不接受退款。
3、退款时,将收取票价的10%作为手续费。

票种名称 售票时间 票种说明 票价(元) 张数 报名/购票

主办方

中科图云

北京中科图云科技有限公司专注于人工智能/云计算/大数据/高性能方向的技术培训。致力于通过对行业前沿技术的持续创新解读,为相关方向的研究机构和行业用户,提供从训练到推理的一站式人工智能云计算应用服务解决方案/教学实训平台

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