GROMACS分子动力学核心技术实战培训班
2019年12月12日 9:00 ～ 2019年12月15日 16:30
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活动内容收起
中国管理科学研究院
职业资格认证培训中心
GROMACS分子动力学核心技术实战培训班
各企事业单位、高等院校及科研院所：
分子动力学模拟被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；目前，分子动力学模拟能在很大程度上进行预测指导实验，因此模拟与实验的对照是将来研究的主要方向之一。分子动力学模拟作为一种理想的计算机模拟方法，可以用来模拟两相之间的相互作用，也是对计算和实验的补充。
应广大学员要求，中国管理科学研究院职业资格认证培训中心（http://www.cnzgrz.org.cn/）特举办“GROMACS分子动力学核心技术实战培训班”本次培训主讲内容围绕GROMACS分子动力学核心技术开展，以实际科研工程中典型的实例为主线，对前沿的分子动力学模拟计算方法及应用进行了全面的讲解，同时进行深入的案例分析，帮助学员掌握和利用GROMACS这一软件平台进行仿真计算与产品的研发工作。
本次培训由北京中科软博信息技术研究院和北京中际英才文化传媒有限公司具体承办，相关事宜通知如下：
一、课程目标：
1. GROMACS分子动力学理论与软件操作培训，边讲解边实践操作。
2. 通过本课程的学习，学员熟练掌握GROMACS分子动力学的原理、方法、软件操作。
3. 学员基本具备独立完成GROMACS分子动力学的论文及实际科研工程的能力。
二、课程特色:
1. 资深专家深入讲解GROMACS分子动力学相关理论和操作技能；由浅入深、从理论到实践全面解析；
2. 专家学员互动、答疑解惑、分享经验；专家推荐经典学习书籍、网络资源等。
3. 由浅入深带你吃透GROMACS分子动力学，掌握理论知识点及实践诀窍，理论与上机实操培训相结合，学习效率有保证。
三、时间地点:
2019年12月12日—— 2019年12月15日 北 京
（时间安排：第一天报到、授课三天、大学机房授课）
四、参会对象：
本次培训课程针对全国高校及各省市、自治区从事材料科学、分子模拟、力学、生物与医学、化学与化工、机械与自动化、物理、能源与环境等相关的科研单位技术骨干、科研院所研究人员和大专院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员，以及分子模拟计算的广大爱好者。
五、培训课程大纲
一、GROMACS基础 | 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余 1.基本假设 2.主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法 3.积分步长的选取 4.温度和压力控制 5.周期性边界条件 6.分子动力学模拟流程 |
二、GROMACS入门学习 | GROMACS入门操作基础 1.Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令 2. GROMACS的win版linux版安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件 3.GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍 4.GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备 OPLS 为例，力场的各种参数说明 |
三、GROMACS建模案例实践 | GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础 1. Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用 2.建立各种体系模型混合模型、界面模型、球体模型等方法 3.小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB itp, top的结构以及参数说明 4. 建立均相、多相体系 5.如何修改力场参数 |
四、GROMACS分析工具讲解 | GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力 1. LJ流体，甲烷，水纯物质模拟 2.模拟轨迹分析 3.生成拓扑结构和坐标文件 4.模拟能量分析 5.系统动态结构分析 6.空间分布性质 7.分子结构分析 8.静电作用分析 9.介面作用分析 10.光谱学分析 |
五、GROMACS算例上机实践 | GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程 1.纯相、多相混合体系模拟计算 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等 乙醇等极性溶剂石油化工领域等、聚合物分子等 2.界面模拟计算 气液界面、固液界面、油水界面 表面活性剂的界面模拟 3. 物理场下的模拟计算 静电场、微波场、高斯脉冲场 4.石墨烯、纳米管的模拟 |
六，GROMACS复杂体系建模分析及上机实践 | 1.伞形采样——计算结合自由能 2.创建一系列反应路径分子构型 3.提取模拟间隔质心轨迹 4.模拟每个构型的伞形采样 5.柱状图分析计算结构自由能 6.药物分子开发溶剂筛选 7.介绍热力学积分方法 8. 构建药物分子模型 9. 建模药物分子溶解在水相，油相和醇相10.计算不同相态下的分配系数 11.快速预测药物分配系数方法 12.固/晶体建模仿真 13.固/晶体结构建模 14.插入溶剂分子 15.模拟系统达平衡 16.分析固/晶体结构变化 |
七、辅助课程 | 1.其他相关软件的功能介绍，如Lammps、VASP、NAMD、MS等 2.建立微信群QQ群，建立长期技术问题答疑平台 |
六、费用标准：
A类，每人3900元（含培训费、资料费、证书、午餐费）住宿可统一安排，费用自理。
B类，每人4580元（含培训费、资料费、证书、午餐费）住宿可统一安排，费用自理。
七、颁发证书：
参加相关培训并通过考试的学员，可以获得：
A类，中国管理科学研究院职业资格认证培训中心颁发的《GROMACS分子动力学应用工程师》（高级）专业技能证书，官方网站查询，该证书可作为有关单位专业技术人员能力评价、考核和任职的重要依据。
B类，工业和信息化部全国网络与信息技术考试管理中心颁发的《GROMACS分子动力学模拟技术》职业技能证书，官方网站查询，该证书直接纳入专业人才数据库。（加上A类共两本证书）。
注：请学员带两寸彩照两张（背面注明姓名）、身份证复印件和学历证明复印件各两张。
同样是专业，我们更用心！
2015年伊始至今，中国管理科学研究院职业资格认证培训中心举办分子模拟培训课程至今已经成功举办多期，共来自全国高校及科研单位的学员累计500人次。我们分别在（北京-上海-广州-深圳）四大城市召开举办顺利举行圆满结束，本课程培训为期三天。本次培训有中国科学院资深专家深入讲解GROMACS分子动力学相关理论和操作技能；由浅入深、从理论到实践全面解析；真正的让学员动起手来，亲自实现案例的操作；让学员能够完全掌握理论基础和有效提升学员解决复杂问题的能力。学以致用是我们培训的宗旨，让每一位学员满意是我们服务的价值体现。
上海站
会务接待老师为大家准备了良好学习环境
| 上课前老师的准备工作 |
会务老师强调课堂纪律和注意事项 | 学员在认真听老师讲课 |
上课前软件的调试准备工作
| 大家跟着老师做上机实践
|
北京站:
1授课
下午准备上课
| 中科院专家老师正在授课中
|
2授课以及学员互动交流
学员下课后和主讲老师请教技术问题
| 课下学员互动交流中
| 本期课程圆满结束
|
十、参加过培训的学员单位及研究方向：（部分）
单位及高校 | 研究方向 |
北京大学 | 纳米流体驱油、x射线吸收谱技术 |
河南理工大学 | 聚合物分子动力学 |
中国石油大学（北京） | 食品生物大分子、油砂分离 |
武汉大学 | 功能食品 |
华中科技大学 | 膜分离 |
北京理工大学 | 工业催化 |
北京科技大学 | 吸附与脱附 |
同济大学 | 硅铝酸盐分子模拟 |
武汉商学院 | 材料的多尺度计算模拟 |
郑州大学 | 化工学院民爆中心 |
临沂大学 | 实验物理部、PDCL薄膜的微宏观力学性能 |
兰州大学 | 新能源材料、超临界流体 |
武汉汉高美硅宝石转轮有限公司 | 动力工程及工程热物理 |
中国科学院山西煤炭化学研究所 | 理论物理、钢渣固碳（CCS） |
重庆邮电大学 | 材料学院、油气田地质与开发 |
南京理工大学 | 橡胶纳米复合材料机械性能的跨尺度分析 |
中国工程物理研究院激光聚变研究中心 | 热能与动力工程系 |
中国石油大学（华东） | 建工学院、混凝土微观结构 |
吉林大学 | 电池材料研究 |
哈尔滨工业大学 | 油气田开发工程 |
华北电力大学（保定） | 微纳米相变材料 |
陕西工业职业技术学院 | 原油乳状液界面膜性 |
上海交通大学 | 油田化学及提高采收率 |
澳大利亚大学 | 岩土工程、分子动力学与断裂失效 |
北京化工大学 | 石油工程、高分子自组装 |
西北大学 | 化学、化工 |
天津大学 | 储能、油田化学 |
上海海事大学 | 水分子模拟计算 |
天津大学 | 能源与动力工程 |
北京工业大学 | 二维碳材料 |
合肥工业大学 | 二氧化钛 |
长春师范大学 | 粒子与材料表面相互作用过程 |
桂林理工大学 | 核材料 |
中国石油大学（北京） | 重整与芳烃研究 |
上海理工大学 | 机械工程学院 |
东北石油大学 | 低温相变传热及制冷低温技术 |
湖南大学 | 建筑材料 |
华南师范大学 | 含能材料热分解动力学 |
湖北大学 | 冲击波和物质相互作用 |
中北大学 | 相变模拟、腐蚀 |
诚挚的邀请大家拨冗出席参加本次实战培训课程！
请大家多多帮忙转发相关部门以及同事查看，谢谢
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