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16S 微生物宏基因组学及后期数据分析专题培训班”的通知

Thu, 10 Dec 2020 09:00:00 GMT+08 ~ Sun, 13 Dec 2020 17:00:00 GMT+08
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中科成创
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    微生物宏基因组学及后期数据分析专题培训班”的通知

    各有关单位:

    微生物作为地球环境中的一大类生物群体,每种微生物都有其独特的功能。微生物学(microbiology)作为生物学的分支学科之一,在许多学科领域都发挥着举足轻重的作用。作为国内最大的综合性微生物学研究机构,为推动我国微生物学的发展,提高从业人员的技术水平,更好地与微生物研究领域的专家学者们分享、交流在微生物研究领域中的心得、经验。应广大行业工作者的要求,由中科成创(北京)生物技术有限公司举办“生物信息学最新技术-微生物宏基因组学及后期数据分析专题培训班。培训班采用理论和演示相结合的教学形式,使学员在短时间内对微生物研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路,共同探讨和挖掘微生物资源的科学研究价值和应用前景。具体事宜通知如下:

     

    一、培训目标及特点:

    本培训以微生物宏基因组学技术的应用与数据分析为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员。学员通过与专家直接交流,能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。

     

    二、授课专家:

    主讲专家来自中科院科研机构的高级专家,拥有丰富的科研工作经验,长期从事生物信息学方面的项目研究,发表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等杂志40多篇。具有资深的技术底蕴和专业背景,目前承担国家科技部、国家自然基金委和市科技新星项目等多项课题。

     

    三、培训对象:

    大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。

     

    四、时间地点:        2020年12月10日——12月13日   江苏  南京

                                      (时间安排:第1天报到,授课3天)

    五、培训内容:

    12月11日  上午)

    微生物基因组

    微生物基因组和转录组学研究

    1.1、微生物基因组研究的意义

    1.2、微生物基因组研究概况

    1.3、微生物基因组的特点

    1.4、微生物转录组学研究

     

    12月11日 下午)

     R语言绘图

    1.1  R语言基本介绍

    1.2  R语言基本运算、向量函数

    1.3 R语言数据读入以及导出

    ggplot2基本绘图 (条形图、散点图、折线图等)

     

    12月12日 上午)

     宏基因组学 

    1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

    1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

    1.2. 测序量及采样建议

    针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

    1.3. 分析流程图

    数据收集、数据预处理、数据分析

    1.4. 结果解析

    1.4.1 OTU聚类

    1.4.2 物种注释

    1.4.3 物种分布情况

    1.4.4 样品复杂度分析:α多样性

    Coverage   Chao指数   ACE指数

    Shannon曲线

    Richness rarefaction曲线

    1.4.5 多样品比较分析:β多样性

    样品间物种丰度热图

    排序分析:

    PCA分析

    PCoA分析

    NMDS分析

    Unifrac分析

    样品聚类分析

    2. DSS (direct shotgun sequencing)法

    2.1. 分析流程

    2.2. 功能注释分析

    2.3. 代谢途径解析

     

    12月12日  下午)

     微生物基因组及宏转录组常用软件介绍

    2.1 微生物基因组在线圈图分析

    2.2 代谢通路分析(KEGG & KAAS)

    2.3 病原菌耐药基因鉴定(CARD & Resfinder)

    2.4 细菌基因组岛鉴定 (Islandviewer)

    2.5 CAZy 碳水化合物活性酶注释(宏转录组)

    2.6 基因差异表达分析(宏转录组)

    2.7 基因聚类分析(宏转录组)

     

    12月13日  上午)

     宏转录组学

     1 宏转录组学介绍

    2 宏转录组学定义

    3 宏转录组研究方法

    4 宏转录组研究内容

    5 宏基因组与宏转录组的差别

     

    12月13日  下午)

     16S测序数据分析及宏基因组学软件介绍

     1. 笔记本电脑配置要求建议笔记本内存4G以上,64位操作系统

    2. 针对16S rDNA amplicon sequencing分析

    2.1. 虚拟机安装:Virtual Box

    2.2. 16S分析运行环境搭建:QIIME Virtual Machine

     

    2.3. 实例演示及结果展示

    数据预处理

    OTU 聚类

    物种注释

    OTU table生成

    α多样性分析

    序列比对

    构建进化树

    β多样性分析

     

    3. 针对shotgun sequencing分析(只做流程演示讲解)

    3.1. 序列质量控制:fastqc

    3.2. 序列拼接

    3.3. 基因预测及丰度分析

    3.4. 物种注释

    3.4. 功能注释

    3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等软件介绍

     

    *实际授课还会增加一些学员报名时反馈的感兴趣内容,希望参会人员可以把自己想了解的内容,报名时一起填写在回执表上。大家在上课期间有什么问题,都可以随时提出,如果有针对性问题可在 课间、课下和老师进行交流;)

     

     

    六、费用: 

    每人¥3980元(含报名费、培训费、资料费、上机费)

    团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)

    食宿可统一安排,费用自理。各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。

    如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行授课

     

    七、联系方式:   

    联系人:张琦  17744569660

    ​邮箱:zkcc_BIS@vip.163.com

     



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